Единственият център у нас, в който има свидетелства за приемственост на различни култове и религии, Ески джамия, е музей от 2011 г. Като мюсюлмански храм съществува от 1409 г. – така гласи надписът, издялан върху камък над вратата. При археологически разкопки в началото на ХХI век, Ески джамия разкрива своите хилядолетни тайни. Ето какво разказва историкът д-р Ангел Динев, директор на Регионалния исторически музей в Стара Загора:

„Ески джамия е един от най-забележителните исторически обекти от Османо-турската епоха. През 2011 г., по проект на Оперативна програма „Регионално развитие” на Европейския съюз, беше завършена реставрацията на историческите находки и стенописите. Тогава беше открит и археологическият комплекс Музей на религиите „Ески джамия”. При разкопките и проучванията, продължили около десет години, в молитвения дом на джамията бяха открити останки от средновековна християнска църква. Доказа се, че тя е построена през Х-ХI век. В близост до нея са намерени останки от тракийско езическо светилище от II-III век. В него са почитали Тракийския конник – най-таченото тракийско божество. Непосредствено до външните зидове е разкрита ритуална яма от ранножелязната тракийска епоха. Доказва го намерената керамика, която може да се отнесе към края на тази епоха. Останките от светилището са доказателство, че това е място, почитано от нашите предци в продължение на близо две хилядолетия. Музеят е наистина уникален – в него има свидетелства за приемственост между четири различни култови и религиозни системи. За щастие, стенописите в джамията са добре запазени. Самата сграда е голяма по обем и привлича много посетители.”

Д-р Динев добавя и описанието на средновековна църква, намерена в очертанията на молитвения салон. Християнският храм е полувкопан в тогавашния терен, а пространството около него е използвано за некропол. Проучени са повече от шестдесет християнски гроба от този некропол. Според изследователите, джамията е построена върху руините на вече разрушената църква. Счита се, че зографите, изписали ранносманската еднокуполна джамия, са били българи. Това се забелязва дори с просто око – по цветовете и някои от мотивите. При реставрацията на величествения купол специалистите забелязали „скрити” християнски елементи в рисунъка. Едва ли е случаен ефект това, че в едно от пространствата на синия фон сякаш има малка църква с кръст върху покрива.

И още един интересен факт от историята на Ески джамия: след Освобождението на България от османско владичество през 1878 г. дълго време тя е била използвана за християнски ритуали – кръщенета, венчавки и пр. По онова време това била единствената сграда, оцеляла след боя на 19 юли 1877 г., по време на Руско-турската война. Тогава градът е опожарен и буквално разрушен до основи от башибозушки чети и войската на Сюлейман паша, излязла от контрол. Избитите българи са над 16 000 (според други източници техният брой е по-голям). Не остава нито една църква. След Освобождението, когато оцелелите се завръщат, за да издигнат отново града от пепелищата, християнските свещеници не се колебаят да започнат богослужения в джамията. Д-р Динев обяснява: „Не са били запазени документи, които да доказват, че това някога е било църква. Но хората са знаели – тяхната историческа и родова памет е съхранявала поколения след поколения спомена за храма, вграден в основите на Ески джамия.”

Когато са възстановени някои от църквите, сградата отново става мюсюлмански молитвен дом. Включена е в списъка на старинните паметници още през 1927 г. според тогава действащия Закон за старините. Националният институт за паметниците на културата я обявява за архитектурен паметник през 1972 г. Стенописите в джамията също са паметник на културата от национално значение.Разположен в центъра на Стара Загора, Музеят на религиите привлича значителен брой туристи. Посещават го и много местни хора, които твърдят, че усещат тук специална енергия.